Letmol使用说明

基本流程

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第二步

第二步,LetMol会进行数据的质控检测。如果数据质量不过关,会发给您相应的站内消息或邮件提示;如果数据质量良好,会进行AI模型生成,并返回给您专属的AI模型,以及该模型准确性的评估。

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第三步

第三步,在新建预测页面选择您的专属AI模型,并选择需要进行细胞功能预测的小分子化合物库,一键进行各种预测(比如海量小分子化合物的虚拟筛选等)。

FAQ(常见问题解答)

Q:我正在进行药物筛选相关实验,是否可以使用LetMol?

A:是的,LetMol对于小分子化合物、药物筛选、新分子设计、老药新用、代谢物筛选等各类与细胞功能相关的筛选、设计与预测均可使用。LetMol具有强大的泛化能力,适应几乎所有细胞类型和数据类型。且面向生物医药类实验室科研人员,使用者无需任何AI相关基础知识。

Q:为什么会需要用到这个“小分子-细胞功能”预测?

A:因为在现实研究中,我们往往会以某个重要的细胞类型或细胞的某个分化状态(各类物种的原代细胞、细胞系以及真菌或细菌等)作为主要实验材料,以其细胞功能(激活,增殖,分化,死亡,衰老,应激,转录,分泌,迁移,形态等)作为研究对象,这类研究几乎覆盖了全部的生物学研究项目。而小分子化合物/代谢物的湿实验筛选往往时间、人力、经费成本巨大且很难对海量分子和新分子进行大量筛选和设计。同时,缺乏有效功能靶点或机制复杂的细胞功能或疾病无法使用传统“小分子-蛋白靶点”的预测方式。此外,由于小分子化合物天然存在的“多通路多靶点”整合调控细胞功能的特性,使得依赖单一靶点进行药物筛选失去实际意义,因此,以细胞功能为导向的小分子预测模型成为更加符合真实世界规律的新型预测方式。

Q:LetMol是否完全免费?是否有使用限制?

A:LetMol基于开放共享的理念,致力于为全世界的生物医药相关科研实验室提供长期、高效、便利、免费的服务,对正式用户所有功能的使用完全免费且不设置任何限制,并且,将不断更新升级新的更高效更准确的算法模型供大家免费使用。

Q:是否需要我提供一些数据才能进行对我自己的特定实验进行建模?

A:是的,一些研究表明,真正的零数据对广泛生物学场景进行预测是无法实现的,尤其是针对您所做实验的特定细胞、特定培养条件、特定功能和场景,一定量的基础数据是必要的。根据不同情况可能会从几十个到上千个不等,LetMol会通过QC质控程序告诉您数据的评估情况供您参考。

Q:我应该提交哪些数据进行建模?

A:您做过的湿实验的数据里,最少需要三个信息:1.小分子化合物的SMILES值(在化合物的说明书里,或者您购买或合成的供应商都会提供)。2.小分子化合物的名称(用于质控异常的时候核对SMILES值)。3.化合物对应的细胞功能的情况(代表对细胞功能的影响的强弱)。其他的信息并非必需,可以不提交。

Q:我手头的数据很少或没有数据,是否也可以使用LetMol?

A:取决于您的数据的实际情况(比如所选用的小分子化合物、生物数据的稳定性、生物功能的内在规律复杂性等),目前版本的LetMol实现高准确率AI建模的用户数据一般在几百个到上千个,一般来说数据越多准确性越高,也有几十个高质量数据实现准确建模的情况。LetMol将首先通过QC质控步骤为您评估数据的情况,给出合理的建议。比如在缺少数据的情况下根据您对生物功能的具体描述,先为您预测建议一些价格较低的小分子化合物用于湿实验,然后再进行建模或迭代提高您的专属模型的准确率。LetMol也将持续升级实现更少数据的更准确预测。

Q:是否需要靶点信息?是否可以预测靶点?

A:是的。无需靶点信息即可预测化合物的细胞功能扰动。此外,在生成您自己的专属实验场景的AI模型后,也可以为您预测最可能的功能靶点,有助于您找到传统方法很难发现的新靶点。

Q:我的AI模型是否可以共享或发布?公共模型库是什么?

A:可以的。用户可根据自己的意愿共享和发布自己的AI模型(比如使用自己专属的AI模型发表论文之后公开该模型),也可通过生成分享链接用于临时分享(如论文发表之前提供给特定人员)。公共模型库是LetMol用户发布的各种AI模型的集合,可供所有用户免费使用。目前由于服务器资源有限,将在后续硬件升级后满足大家的共享和发布需求。

Q:提交数据后需要多久返回结果?

A:根据不同情况,一般在几小时到几天不等,返回结果后会有邮件提醒。后期服务器硬件升级后运算速度将会得到改善,敬请期待。